通常导致自然流产的原因主要有以下几点：
1.染色体异常：包括夫妻染色体异常和胚胎染色体异常。常见的夫妇染色体异常为平衡易位、罗伯逊易位等。胚胎染色体异常中三倍体较多、其次为多倍体、X单体、常染色体单体、染色体平衡易位、缺失、嵌合体、倒置、重叠等。复发性流产夫妇染色体异常的发生率为4，而正常人群为0.2，其中母源与父源之比为3:1。单次自然流产中胚胎染色体异常为主要原因，随流产次数的增加胚胎染色体异常发生率减少。
2.母体内分泌失调：(1)黄体功能不全占23～60，基础体温双相型，但高温相小于11日，或高低温差小于0.3℃，子宫内膜活检示分泌反应至少落后2日，黄体期孕酮低于15ng/ml引起妊娠蜕膜反应不良，2～3个周期黄体功能检测显示不足，方可纳入诊断，黄体功能不全影响孕卵着床。(2)多囊卵巢综合征高浓度的促黄体生成素，高雄激素和高胰岛素血症降低了卵子质量和子宫内膜容受性，容易导致流产发生。(3)高泌乳素血症黄体细胞存在泌乳素受体，高泌乳素抑制颗粒细胞黄素化及类固醇激素，导致黄体功能不全和卵子质量下降。(4)甲状腺疾病甲状腺功能低下与反复发生的自然流产相关。(5)糖尿病亚临床或控制满意的糖尿病不会导致流产，未经控制的胰岛素依赖型糖尿病自然流产率增加。
3.母体生殖道的异常：(1)子宫畸形包括单角子宫、双角子宫、双子宫及子宫纵隔等。其中尤以子宫不全纵隔较易导致流产及早产。主要由于纵隔部位内膜发育不良，对甾体激素不敏感，血液供应差。(2)Asherman综合征宫腔体积缩小，对甾体激素应答下降。(3)宫颈机能不全引起晚期流产和早产，是导致妊娠中期流产的主要原因。(4)子宫肌瘤黏膜下肌瘤及大于5cm肌间肌瘤的与流产有关。
4.生殖道感染：细菌性阴道病患者妊娠晚期流产及早产发生率升高，沙眼衣原体、解脲支原体造成子宫内膜炎或宫颈管炎可致流产。
5.其他：不健康生活方式与流产相关。有学者报道，每天吸烟超过14支的女性，流产风险较对照组增加2倍。酗酒、过量饮用咖啡因以及环境因素如有机溶剂和毒物等的影响。妇科医师指出，自然流产胎儿若是不健全，需进行引产手术治疗。
对自然流产的治疗除卧床休息、严禁性生活外，应对患者营造一个有利于心情稳定、解除紧张气氛的环境，对曾经有流产史者，应给予更多的精神支持。如孕妇孕激素水平低，可用孕激素支持治疗。
保胎对症下药很重要。比如晚期的自然流产(妊娠超过3个月但不足28周)，多因宫颈内口松弛引起，如要保胎，除使用保胎药，还要加用抑制宫缩的药物和其他手段辅助治疗。
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